Mercury in the structure of uc(Nmr) Structure of 18 Residue Peptide From Merp Protein (pdb 1dvw)

The binding sites of Mercury atom in the structure of uc(Nmr) Structure of 18 Residue Peptide From Merp Protein (pdb code 1dvw). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Mercury atom. The 1dvw structure was solved by G.VEGLIA, F.PORCELLI, T.M.DE SILVA, A.M.PRANTNER, S.J.OPELLA, with NMR in Solution technique. Mercury Binding Sites: Mercury binding site 1 out of 1 in 1dvw Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Mercury in the PDB 1dvw. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Mercury atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Val4, A: Met7, A: Thr8, A: Cys9, A: Ala11, A: Cys12, A: Pro13, A: Met7, A: Thr8, A: Cys9, A: Ala11, A: Cys12, A: Pro13, A: Val4, A: Met7, A: Thr8, A: Cys9, A: Ala11, A: Cys12, A: Pro13, A: Val4, A: Thr8, A: Ala11, A: Cys12, A: Pro13, A: Ile14, A: Thr15, A: Val16, A: Val4, A: Gly6, A: Met7, A: Thr8, A: Cys9, A: Ala11, A: Cys12, A: Pro13, A: Val16, A: Val4, A: Met7, A: Thr8, A: Cys9, A: Ala10, A: Ala11, A: Cys12, A: Pro13, A: Val4, A: Met7, A: Thr8, A: Cys9, A: Ala10, A: Ala11, A: Cys12, A: Pro13, A: Leu2, A: Thr8, A: Cys9, A: Ala10, A: Ala11, A: Cys12, A: Pro13, A: Ile14, A: Val4, A: Met7, A: Thr8, A: Cys9, A: Ala11, A: Cys12, A: Pro13, A: Thr15, A: Val16, A: Val4, A: Met7, A: Thr8, A: Cys9, A: Ala10, A: Ala11, A: Cys12, A: Pro13, conact list: Atom Atom Distance (A) Hg HG22 A:Val4 4.93 Hg HB2 A:Met7 4.93 Hg N A:Met7 4.36 Hg HG3 A:Met7 4.43 Hg CB A:Met7 3.98 Hg HB3 A:Met7 3.77 Hg C A:Met7 2.98 Hg CG A:Met7 4.50 Hg CA A:Met7 3.12 Hg HG2 A:Met7 4.31 Hg O A:Met7 3.73 Hg HA A:Met7 2.44 Hg H A:Met7 4.59 Hg N A:Thr8 2.82 Hg CB A:Thr8 4.99 Hg C A:Thr8 3.60 Hg CA A:Thr8 3.66 Hg O A:Thr8 4.56 Hg HA A:Thr8 3.96 Hg H A:Thr8 2.71 Hg O A:Cys9 4.67 Hg HB2 A:Cys9 4.44 Hg N A:Cys9 3.02 Hg CB A:Cys9 3.51 Hg HB3 A:Cys9 3.66 Hg HA A:Cys9 4.77 Hg SG A:Cys9 2.32 Hg H A:Cys9 2.50 Hg C A:Cys9 4.47 Hg CA A:Cys9 3.86 Hg HB2 A:Ala11 3.89 Hg N A:Ala11 4.55 Hg CB A:Ala11 3.74 Hg HB3 A:Ala11 4.51 Hg H A:Ala11 4.00 Hg C A:Ala11 4.10 Hg CA A:Ala11 4.41 Hg HB1 A:Ala11 2.78 Hg O A:Cys12 4.40 Hg HB2 A:Cys12 4.31 Hg N A:Cys12 3.09 Hg CB A:Cys12 3.33 Hg HB3 A:Cys12 3.41 Hg HA A:Cys12 4.66 Hg SG A:Cys12 2.33 Hg H A:Cys12 2.35 Hg C A:Cys12 3.89 Hg CA A:Cys12 3.62 Hg N A:Pro13 4.24 Hg CD A:Pro13 4.42 Hg HD2 A:Pro13 4.86 Hg HD3 A:Pro13 3.69 Hg HA A:Pro13 4.95 Hg HB2 A:Met7 4.93 Hg N A:Met7 4.36 Hg HG3 A:Met7 4.43 Hg CB A:Met7 3.98 Hg HB3 A:Met7 3.77 Hg C A:Met7 2.98 Hg CG A:Met7 4.50 Hg CA A:Met7 3.12 Hg HG2 A:Met7 4.31 Hg O A:Met7 3.73 Hg HA A:Met7 2.44 Hg H A:Met7 4.59 Hg N A:Thr8 2.82 Hg CB A:Thr8 4.99 Hg C A:Thr8 3.60 Hg CA A:Thr8 3.66 Hg O A:Thr8 4.56 Hg HA A:Thr8 3.96 Hg H A:Thr8 2.71 Hg O A:Cys9 4.67 Hg HB2 A:Cys9 4.44 Hg N A:Cys9 3.02 Hg CB A:Cys9 3.51 Hg HB3 A:Cys9 3.66 Hg HA A:Cys9 4.77 Hg SG A:Cys9 2.32 Hg H A:Cys9 2.50 Hg C A:Cys9 4.47 Hg CA A:Cys9 3.86 Hg HB2 A:Ala11 3.89 Hg N A:Ala11 4.55 Hg CB A:Ala11 3.74 Hg HB3 A:Ala11 4.51 Hg H A:Ala11 4.00 Hg C A:Ala11 4.10 Hg CA A:Ala11 4.41 Hg HB1 A:Ala11 2.78 Hg O A:Cys12 4.40 Hg HB2 A:Cys12 4.31 Hg N A:Cys12 3.09 Hg CB A:Cys12 3.33 Hg HB3 A:Cys12 3.41 Hg HA A:Cys12 4.66 Hg SG A:Cys12 2.33 Hg H A:Cys12 2.35 Hg C A:Cys12 3.89 Hg CA A:Cys12 3.62 Hg N A:Pro13 4.24 Hg CD A:Pro13 4.42 Hg HD2 A:Pro13 4.86 Hg HD3 A:Pro13 3.69 Hg HA A:Pro13 4.95 Hg HG22 A:Val4 4.93 Hg HB2 A:Met7 4.93 Hg N A:Met7 4.36 Hg HG3 A:Met7 4.43 Hg CB A:Met7 3.98 Hg HB3 A:Met7 3.77 Hg C A:Met7 2.98 Hg CG A:Met7 4.50 Hg CA A:Met7 3.12 Hg HG2 A:Met7 4.31 Hg O A:Met7 3.73 Hg HA A:Met7 2.44 Hg H A:Met7 4.59 Hg N A:Thr8 2.82 Hg CB A:Thr8 4.99 Hg C A:Thr8 3.60 Hg CA A:Thr8 3.66 Hg O A:Thr8 4.56 Hg HA A:Thr8 3.96 Hg H A:Thr8 2.71 Hg O A:Cys9 4.67 Hg HB2 A:Cys9 4.44 Hg N A:Cys9 3.02 Hg CB A:Cys9 3.51 Hg HB3 A:Cys9 3.66 Hg HA A:Cys9 4.77 Hg SG A:Cys9 2.32 Hg H A:Cys9 2.50 Hg C A:Cys9 4.47 Hg CA A:Cys9 3.86 Hg HB2 A:Ala11 3.89 Hg N A:Ala11 4.55 Hg CB A:Ala11 3.74 Hg HB3 A:Ala11 4.51 Hg H A:Ala11 4.00 Hg C A:Ala11 4.10 Hg CA A:Ala11 4.41 Hg HB1 A:Ala11 2.78 Hg O A:Cys12 4.40 Hg HB2 A:Cys12 4.31 Hg N A:Cys12 3.09 Hg CB A:Cys12 3.33 Hg HB3 A:Cys12 3.41 Hg HA A:Cys12 4.66 Hg SG A:Cys12 2.33 Hg H A:Cys12 2.35 Hg C A:Cys12 3.89 Hg CA A:Cys12 3.62 Hg N A:Pro13 4.24 Hg CD A:Pro13 4.42 Hg HD2 A:Pro13 4.86 Hg HD3 A:Pro13 3.69 Hg HA A:Pro13 4.95 Hg HG22 A:Val4 4.93 Hg N A:Thr8 2.82 Hg CB A:Thr8 4.99 Hg C A:Thr8 3.60 Hg CA A:Thr8 3.66 Hg O A:Thr8 4.56 Hg HA A:Thr8 3.96 Hg H A:Thr8 2.71 Hg HB2 A:Ala11 3.89 Hg N A:Ala11 4.55 Hg CB A:Ala11 3.74 Hg HB3 A:Ala11 4.51 Hg H A:Ala11 4.00 Hg C A:Ala11 4.10 Hg CA A:Ala11 4.41 Hg HB1 A:Ala11 2.78 Hg O A:Cys12 4.40 Hg HB2 A:Cys12 4.31 Hg N A:Cys12 3.09 Hg CB A:Cys12 3.33 Hg HB3 A:Cys12 3.41 Hg HA A:Cys12 4.66 Hg SG A:Cys12 2.33 Hg H A:Cys12 2.35 Hg C A:Cys12 3.89 Hg CA A:Cys12 3.62 Hg N A:Pro13 4.24 Hg CD A:Pro13 4.42 Hg HD2 A:Pro13 4.86 Hg HD3 A:Pro13 3.69 Hg HA A:Pro13 4.95 Hg HG22 A:Val4 4.93 Hg HB2 A:Met7 4.93 Hg N A:Met7 4.36 Hg HG3 A:Met7 4.43 Hg CB A:Met7 3.98 Hg HB3 A:Met7 3.77 Hg C A:Met7 2.98 Hg CG A:Met7 4.50 Hg CA A:Met7 3.12 Hg HG2 A:Met7 4.31 Hg O A:Met7 3.73 Hg HA A:Met7 2.44 Hg H A:Met7 4.59 Hg N A:Thr8 2.82 Hg CB A:Thr8 4.99 Hg C A:Thr8 3.60 Hg CA A:Thr8 3.66 Hg O A:Thr8 4.56 Hg HA A:Thr8 3.96 Hg H A:Thr8 2.71 Hg O A:Cys9 4.67 Hg HB2 A:Cys9 4.44 Hg N A:Cys9 3.02 Hg CB A:Cys9 3.51 Hg HB3 A:Cys9 3.66 Hg HA A:Cys9 4.77 Hg SG A:Cys9 2.32 Hg H A:Cys9 2.50 Hg C A:Cys9 4.47 Hg CA A:Cys9 3.86 Hg HB2 A:Ala11 3.89 Hg N A:Ala11 4.55 Hg CB A:Ala11 3.74 Hg HB3 A:Ala11 4.51 Hg H A:Ala11 4.00 Hg C A:Ala11 4.10 Hg CA A:Ala11 4.41 Hg HB1 A:Ala11 2.78 Hg O A:Cys12 4.40 Hg HB2 A:Cys12 4.31 Hg N A:Cys12 3.09 Hg CB A:Cys12 3.33 Hg HB3 A:Cys12 3.41 Hg HA A:Cys12 4.66 Hg SG A:Cys12 2.33 Hg H A:Cys12 2.35 Hg C A:Cys12 3.89 Hg CA A:Cys12 3.62 Hg N A:Pro13 4.24 Hg CD A:Pro13 4.42 Hg HD2 A:Pro13 4.86 Hg HD3 A:Pro13 3.69 Hg HA A:Pro13 4.95 Hg HG22 A:Val4 4.93 Hg HB2 A:Met7 4.93 Hg N A:Met7 4.36 Hg HG3 A:Met7 4.43 Hg CB A:Met7 3.98 Hg HB3 A:Met7 3.77 Hg C A:Met7 2.98 Hg CG A:Met7 4.50 Hg CA A:Met7 3.12 Hg HG2 A:Met7 4.31 Hg O A:Met7 3.73 Hg HA A:Met7 2.44 Hg H A:Met7 4.59 Hg N A:Thr8 2.82 Hg CB A:Thr8 4.99 Hg C A:Thr8 3.60 Hg CA A:Thr8 3.66 Hg O A:Thr8 4.56 Hg HA A:Thr8 3.96 Hg H A:Thr8 2.71 Hg O A:Cys9 4.67 Hg HB2 A:Cys9 4.44 Hg N A:Cys9 3.02 Hg CB A:Cys9 3.51 Hg HB3 A:Cys9 3.66 Hg HA A:Cys9 4.77 Hg SG A:Cys9 2.32 Hg H A:Cys9 2.50 Hg C A:Cys9 4.47 Hg CA A:Cys9 3.86 Hg HB2 A:Ala11 3.89 Hg N A:Ala11 4.55 Hg CB A:Ala11 3.74 Hg HB3 A:Ala11 4.51 Hg H A:Ala11 4.00 Hg C A:Ala11 4.10 Hg CA A:Ala11 4.41 Hg HB1 A:Ala11 2.78 Hg O A:Cys12 4.40 Hg HB2 A:Cys12 4.31 Hg N A:Cys12 3.09 Hg CB A:Cys12 3.33 Hg HB3 A:Cys12 3.41 Hg HA A:Cys12 4.66 Hg SG A:Cys12 2.33 Hg H A:Cys12 2.35 Hg C A:Cys12 3.89 Hg CA A:Cys12 3.62 Hg N A:Pro13 4.24 Hg CD A:Pro13 4.42 Hg HD2 A:Pro13 4.86 Hg HD3 A:Pro13 3.69 Hg HA A:Pro13 4.95 Hg HG22 A:Val4 4.93 Hg HB2 A:Met7 4.93 Hg N A:Met7 4.36 Hg HG3 A:Met7 4.43 Hg CB A:Met7 3.98 Hg HB3 A:Met7 3.77 Hg C A:Met7 2.98 Hg CG A:Met7 4.50 Hg CA A:Met7 3.12 Hg HG2 A:Met7 4.31 Hg O A:Met7 3.73 Hg HA A:Met7 2.44 Hg H A:Met7 4.59 Hg N A:Thr8 2.82 Hg CB A:Thr8 4.99 Hg C A:Thr8 3.60 Hg CA A:Thr8 3.66 Hg O A:Thr8 4.56 Hg HA A:Thr8 3.96 Hg H A:Thr8 2.71 Hg O A:Cys9 4.67 Hg HB2 A:Cys9 4.44 Hg N A:Cys9 3.02 Hg CB A:Cys9 3.51 Hg HB3 A:Cys9 3.66 Hg HA A:Cys9 4.77 Hg SG A:Cys9 2.32 Hg H A:Cys9 2.50 Hg C A:Cys9 4.47 Hg CA A:Cys9 3.86 Hg HB2 A:Ala11 3.89 Hg N A:Ala11 4.55 Hg CB A:Ala11 3.74 Hg HB3 A:Ala11 4.51 Hg H A:Ala11 4.00 Hg C A:Ala11 4.10 Hg CA A:Ala11 4.41 Hg HB1 A:Ala11 2.78 Hg O A:Cys12 4.40 Hg HB2 A:Cys12 4.31 Hg N A:Cys12 3.09 Hg CB A:Cys12 3.33 Hg HB3 A:Cys12 3.41 Hg HA A:Cys12 4.66 Hg SG A:Cys12 2.33 Hg H A:Cys12 2.35 Hg C A:Cys12 3.89 Hg CA A:Cys12 3.62 Hg N A:Pro13 4.24 Hg CD A:Pro13 4.42 Hg HD2 A:Pro13 4.86 Hg HD3 A:Pro13 3.69 Hg HA A:Pro13 4.95 Hg N A:Thr8 2.82 Hg CB A:Thr8 4.99 Hg C A:Thr8 3.60 Hg CA A:Thr8 3.66 Hg O A:Thr8 4.56 Hg HA A:Thr8 3.96 Hg H A:Thr8 2.71 Hg O A:Cys9 4.67 Hg HB2 A:Cys9 4.44 Hg N A:Cys9 3.02 Hg CB A:Cys9 3.51 Hg HB3 A:Cys9 3.66 Hg HA A:Cys9 4.77 Hg SG A:Cys9 2.32 Hg H A:Cys9 2.50 Hg C A:Cys9 4.47 Hg CA A:Cys9 3.86 Hg HB2 A:Ala11 3.89 Hg N A:Ala11 4.55 Hg CB A:Ala11 3.74 Hg HB3 A:Ala11 4.51 Hg H A:Ala11 4.00 Hg C A:Ala11 4.10 Hg CA A:Ala11 4.41 Hg HB1 A:Ala11 2.78 Hg O A:Cys12 4.40 Hg HB2 A:Cys12 4.31 Hg N A:Cys12 3.09 Hg CB A:Cys12 3.33 Hg HB3 A:Cys12 3.41 Hg HA A:Cys12 4.66 Hg SG A:Cys12 2.33 Hg H A:Cys12 2.35 Hg C A:Cys12 3.89 Hg CA A:Cys12 3.62 Hg N A:Pro13 4.24 Hg CD A:Pro13 4.42 Hg HD2 A:Pro13 4.86 Hg HD3 A:Pro13 3.69 Hg HA A:Pro13 4.95 Hg HG22 A:Val4 4.93 Hg HB2 A:Met7 4.93 Hg N A:Met7 4.36 Hg HG3 A:Met7 4.43 Hg CB A:Met7 3.98 Hg HB3 A:Met7 3.77 Hg C A:Met7 2.98 Hg CG A:Met7 4.50 Hg CA A:Met7 3.12 Hg HG2 A:Met7 4.31 Hg O A:Met7 3.73 Hg HA A:Met7 2.44 Hg H A:Met7 4.59 Hg N A:Thr8 2.82 Hg CB A:Thr8 4.99 Hg C A:Thr8 3.60 Hg CA A:Thr8 3.66 Hg O A:Thr8 4.56 Hg HA A:Thr8 3.96 Hg H A:Thr8 2.71 Hg O A:Cys9 4.67 Hg HB2 A:Cys9 4.44 Hg N A:Cys9 3.02 Hg CB A:Cys9 3.51 Hg HB3 A:Cys9 3.66 Hg HA A:Cys9 4.77 Hg SG A:Cys9 2.32 Hg H A:Cys9 2.50 Hg C A:Cys9 4.47 Hg CA A:Cys9 3.86 Hg HB2 A:Ala11 3.89 Hg N A:Ala11 4.55 Hg CB A:Ala11 3.74 Hg HB3 A:Ala11 4.51 Hg H A:Ala11 4.00 Hg C A:Ala11 4.10 Hg CA A:Ala11 4.41 Hg HB1 A:Ala11 2.78 Hg O A:Cys12 4.40 Hg HB2 A:Cys12 4.31 Hg N A:Cys12 3.09 Hg CB A:Cys12 3.33 Hg HB3 A:Cys12 3.41 Hg HA A:Cys12 4.66 Hg SG A:Cys12 2.33 Hg H A:Cys12 2.35 Hg C A:Cys12 3.89 Hg CA A:Cys12 3.62 Hg N A:Pro13 4.24 Hg CD A:Pro13 4.42 Hg HD2 A:Pro13 4.86 Hg HD3 A:Pro13 3.69 Hg HA A:Pro13 4.95 Hg HG22 A:Val4 4.93 Hg HB2 A:Met7 4.93 Hg N A:Met7 4.36 Hg HG3 A:Met7 4.43 Hg CB A:Met7 3.98 Hg HB3 A:Met7 3.77 Hg C A:Met7 2.98 Hg CG A:Met7 4.50 Hg CA A:Met7 3.12 Hg HG2 A:Met7 4.31 Hg O A:Met7 3.73 Hg HA A:Met7 2.44 Hg H A:Met7 4.59 Hg N A:Thr8 2.82 Hg CB A:Thr8 4.99 Hg C A:Thr8 3.60 Hg CA A:Thr8 3.66 Hg O A:Thr8 4.56 Hg HA A:Thr8 3.96 Hg H A:Thr8 2.71 Hg O A:Cys9 4.67 Hg HB2 A:Cys9 4.44 Hg N A:Cys9 3.02 Hg CB A:Cys9 3.51 Hg HB3 A:Cys9 3.66 Hg HA A:Cys9 4.77 Hg SG A:Cys9 2.32 Hg H A:Cys9 2.50 Hg C A:Cys9 4.47 Hg CA A:Cys9 3.86 Hg HB2 A:Ala11 3.89 Hg N A:Ala11 4.55 Hg CB A:Ala11 3.74 Hg HB3 A:Ala11 4.51 Hg H A:Ala11 4.00 Hg C A:Ala11 4.10 Hg CA A:Ala11 4.41 Hg HB1 A:Ala11 2.78 Hg O A:Cys12 4.40 Hg HB2 A:Cys12 4.31 Hg N A:Cys12 3.09 Hg CB A:Cys12 3.33 Hg HB3 A:Cys12 3.41 Hg HA A:Cys12 4.66 Hg SG A:Cys12 2.33 Hg H A:Cys12 2.35 Hg C A:Cys12 3.89 Hg CA A:Cys12 3.62 Hg N A:Pro13 4.24 Hg CD A:Pro13 4.42 Hg HD2 A:Pro13 4.86 Hg HD3 A:Pro13 3.69 Hg HA A:Pro13 4.95 interactive model: